Organi fakultete so:
- senat,
- akademski zbor,
- študentski svet,
- dekan,
- upravni odbor in
- direktor.
Senat je najvišji strokovni organ fakultete, ki ga sestavlja pet članov visokošolskih učiteljev in dva člana predstavnika študentov.
Akademski zbor sestavljajo visokošolski učitelji, znanstveni sodelavci in visokošolski sodelavci, ki v tekočem študijskem letu opravljajo pedagoško ali znanstvenoraziskovalno dejavnost na UNM FPUV. Pri delu akademskega zbora sodelujejo tudi predstavniki študentov.
Študentski svet je predstavniški organ študentov UNM FPUV.
Dekan je strokovni vodja fakultete. Zastopa fakulteto v okviru svojih nalog in pristojnosti in je odgovoren za zakonitost izobraževalne in znanstvenoraziskovalne dejavnosti fakultete. Od 1. 10. 2023 dalje fakulteto vodi dekan
izr. prof. dr. Sergej Gričar (
sergej.gricar@uni-nm.si). Organ upravljanja fakultete je
upravni odbor, ki ga sestavljajo predstavniki ustanoviteljev fakultete. Trenutna predsednica upravnega odbora je
Tanja Radovan. Funkcijo poslovodnega organa opravlja dekan
izr. prof. dr. Sergej Gričar.
